１万年前、氷河期が終わって気温が温暖化に向かい海進が進んだ。
５０００年前それはピークを迎え、その海面高は１０ｍに達したとされる。
「郷土を科学する−２」
(ピーク時の海面高が、せいぜい５ｍとする研究資料も数多いが、シュミレーションの最高点として採用した）

遺跡の平均高度は２０ｍ、最低点は７ｍで、その近くが水辺と推定されていることから、当時の海面高は６ｍ前後と思われる。
(三内丸山遺跡・縄文シンポジウム’９７ ）

下図は海面高１０ｍでシュミレートしたもの。
青森平野の殆どが海面下となるが、三内丸山は沖館川と入り江に囲まれ、恵まれた丘であったことが偲ばれる。

２ｍごとの海進シュミレートは下図の通りで、いずれも現在の沖館川が遺跡の北西に深く入り江となって回り込んでいて、各年代にわたって海への出入り口として利用された事を偲ばせる。

また海退によって三内丸山が衰退に向かったのは、集落との距離から憶測して、少なくとも海面の高さが３ｍ以下となってからではなかったか。

現在の地名をアイヌ語で解釈する手法は古くから行われてきた。
その正否はともかくとして、ここでは福田吉次郎氏の著書から、「三内丸山」のアイヌ語での解釈を紹介する。

１）三内（サンナイ）　san 流れ下る　　nay 川　 −−−−−−−−−−−注（１）　
２）三内丸山（サンナイマルヤマ）「流れる沢口にある聖地」の意味。 −−注（２）
注（１）アイヌ語で解く地名と文化事典。福田吉次郎編著
注（２）地名でする縄文文化の旅ガイド。地名から文化を考える会刊行。

ここで言う川は現在の沖館川であるが、次の海進シュミレーションを見ていただけば解るように、各海進時期において沖館川は深い入り江となって、豊かな縄文の貿易港としての機能を、三内丸山の丘に提供したであろう事が想像できる。